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源於雪山山脈的棲蘭山、鶯子嶺山之水源，各自形成南勢溪、北勢溪，穿過崇山峻嶺奔流而下，於新店龜山地區匯流成新店溪，最終於板橋江子翠與大漢溪合為淡水河，流域面積廣達910平方公里。水量豐沛、水質清澈的新店溪，供應了雙北地區絕大部分的民生用水與部分電力，也是香魚、毛蟹等洄游動物的家園。新店溪上游峽谷地勢雄偉、曲流地形發達，新店區眾多帶有「潭」、「湖」字的地名，就是S型曲流地形裡平闊水深之處，自上游順流而下，共有燕子湖、梅花湖、濛濛湖、塗潭、直潭、灣潭、青潭、碧潭等處8處，合稱「三湖五潭」。從南勢溪下游的烏來紅河谷啟程，觀賞壯闊的河谷地形，沿著臺9甲公路順流而下，遊歷文山農場、小粗坑生態綠廊、新店渡渡口，最後到碧潭魚道，觀察新店溪裡逆流而上的洄游魚蟹，回望新店的青山綠水。烏來紅河谷舊稱「加九寮」，是泰雅族語Sokalie的漢譯，原意指「漩渦」，加九寮溪與南勢溪在此交會，在湍急的水流與造山運動的交互作用下，大自然之手鑄造出一大片岩層傾斜的河床與寬闊的溪谷，讓紅河谷獲得「小太魯閣」的美譽。從地標加九寮景觀大橋俯瞰，可見到各式奇形怪狀的高大巨石錯落於溪谷當中，與碧綠的溪流相映成趣，清澈見底的溪水中有魚蝦自在悠游。走一段加九寮步道，平緩的路途上綠樹成蔭，與蝴蝶、樹蛙結伴而行。沿著臺９甲公路從烏來前往新店屈尺的文山農場，新店溪自農場北側的屈尺山下蜿蜒而過，文山農場在日治時代是「茶業傳習所」，成立以來一直致力於臺灣茶葉產製與改良技術的工作，今日則由新北市農會經營，園區內設有露營區、野炊區、藥用植物標本區、休閒活動區、茶藝區、製茶研習館、農產品展售中心、兒童遊戲區等，是新店熱門的戶外休憩區。農場內的重要地標－紅磚製茶廠是臺灣目前唯一保留煙囪的製茶廠，環繞於製茶廠周遭的山坡地種滿了茶樹，站在制高點甚至能遠眺臺北101大樓，參加農場舉辦的茶葉文化遊程，體驗從採茶、製茶、泡茶的甘苦。距離文山農場僅10分鐘車程的小粗坑生態綠廊，在日治時期曾是運送煤礦、木材的輕便車道，具豐富的自然、人文景觀。起點處的小粗坑發電廠，擁有巴洛克式風格的外觀，啟用於1909年，利用新店溪劇烈的高低落差，進行水利發電，是全臺灣第二座水力發電廠，至今仍在使用中呢！小粗坑生態綠廊全長約1.8公里，綠廊全程傍著新店溪右岸而行，居高臨下欣賞新店溪的秀麗美景，步道沿途種植大量非洲鳳仙花、大花咸豐草等蝶類喜愛的花草，在花卉盛開時還能預見彩蝶飛舞的景象。續往下游進到灣潭地區，搭乘「擺渡」橫渡新店溪，清代時因公路運輸尚待發展，新店溪兩岸的居民大多仰賴渡船作為主要對外的交通方式，在水上交通最發達時的時期，新店溪沿岸曾設有9個渡口，後因陸上交通改善而逐一廢棄，始於1881年的新店渡渡口，是目前僅存的人力擺渡口。渡船費用大人30元，小孩15元，搭乘人力擺渡橫渡新店溪，享受水岸輕舟之樂，低速細品灣潭、碧潭的美景，到對岸的灣潭遊戲場、文學步道玩耍美拍，紀錄這特別的水上之旅。新店溪的三湖五潭之中，碧潭是位處最下游的河段，也是新店溪離開山區進入盆地的分界線，碧潭寬闊的水域與便利的交通，是雙北歷久不衰的熱門景點，站在河岸邊，靜靜欣賞碧潭的湖光山色，享受這一刻的歲月靜好。步行至碧潭大橋北側的碧潭堰，這座興建於1977的水利工程，目的是維持與調節碧潭的水位，卻也阻斷了新店溪裡洄游類生物的遷徙之路，2015年碧潭堰遭到颱風重創後進行重建，重建工程新增了生態魚道，讓40多年未見的「毛蟹洄游」再現新店溪，相當注重水質的香魚也再度活躍於新店溪。碧潭魚道設置觀察窗及水下監測攝影系統，可24小時即時觀察水中生物。利用魚道的觀察窗，觀賞河流底層溯游活動的生物，如溪哥、石賓、花鰍、香魚、毛蟹和蝦子等等種類，也能見到看到一些河海洄游的物種，如湯鯉、鰻魚、烏魚等。新店溪於此進入臺北盆地，將續行至江子翠與大漢溪共同注入淡水河奔流到海，在碧潭魚道回望新店的群山，這片山川交融的風景，是新北水源與生態的寶藏之地。

旅程自雙溪「牡丹車站」啟程，古樸木造車站保留鐵道懷舊風情，是鐵道迷朝聖的熱門景點。騎乘單車沿著河畔綠廊前行，穿越「三貂嶺生態友善隧道」，隧道內生態豐富、涼爽宜人，是全台首座人車分道的生態隧道。續行抵達僅能步行或騎車到達的「三貂嶺車站」，四面環山、與世隔絕的秘境車站，散發濃厚懷舊氛圍。接著來到見證台灣煤礦產業興衰的「瑞三礦業整煤廠」，斑駁廠房與礦業遺跡訴說著黑金歲月的輝煌與滄桑。終點抵達「瑞芳車站」，繁忙的鐵道樞紐串連起雙溪與瑞芳兩地風光，為這趟穿梭百年鐵道與礦業遺產的兩輪微旅行畫下完美句點。